El 13 de junio de 1623, la Audiencia y el Arzobispo reconocieron el Breve Pontificio y la Real Cédula que autorizaban los grados académicos en el Colegio que la Compañia de Jesús había establecido en Santafé desde 1604. Entonces, los alumnos que de tiempo atrás allí habían estudiado, entre ellos Pedro Claver, recibieron su grado. Debe recordarse que los alumnos del Colegio Seminario de San Bartolomé, fundado por el Arzobispo Lobo Guerrero en 1605 y encomendado a los jesuitas desde entonces, estudiaban también en el Colegio de la Compañía. Esta fecha marca, pues el origen de la que se conocería en los tiempos coloniales como Universidad y Academia de San Francisco Javier, suspendida en 1767 y restablecida en 1930 con el nombre de Universidad Javeriana.

Periodo colonial

El Breve "In Supereminenti" del Papa Gregorio XV, dado el 9 de julio de 1621, fue el documento jurídico que dio "valor universitario a los cursos dados en los colegios de la Compañía de Jesús en América" y "a los grados un valor universal" (J.M. Pacheco, S.J., Los Jesuitas en Colombia, T. I, pág. 513). El Rey Felipe III de España, por medio de la Cédula del 2 de febrero de 1622, ordenó a las autoridades de América dar ejecución al Breve Pontificio, abriendo así el camino para la fundación de la Javeriana. En solemne ceremonia el P. Baltasar Mas, S.J., presentó a la Academia de Santa Fe el Breve Pontificio y la Cédula Real el 13 de junio de 1623. En estas nuevas condiciones se otorgaron los primeros grados de Bachiller en Artes y Teología, a quienes de tiempo atrás habían aprobado en el colegio de la Compañía de Jesús los cursos correspondientes.

El día 1 de abril de 1636 se iniciaron en la Javeriana las primeras lecciones de Medicina que se dictaron en el Nuevo Reino; el catedrático fue el ilustre Licenciado Rodrigo Enríquez de Andrade, "protomédico de este reino", graduado en la Universidad de Alcalá. Cinco años más tarde se suspendió la cátedra "por falta de oyentes".

El 23 de junio de 1704, la Academia de San Francisco Javier fue elevada por el Papa Clemente XII a la categoría de Universidad Pública, en virtud del Breve "In Apostolicae dignitatis". El Rey de España, por su parte, ratificó el Breve Pontificio.

Primeras clases de Derecho

En marzo de 1706, se dio comienzo en la Universidad Javeriana a las primeras lecciones de Derecho. Estas estuvieron inicialmente a cargo del Licenciado Don Pedro Sarmiento, graduado en la Universidad de Salamanca y fiscal de la Real Audiencia.

El 31 de julio de 1767 fueron desterrados los jesuitas de los dominios de Carlos III. Esta fecha marca la terminación de la primera etapa de la existencia de la Universidad Javeriana.

Reestablecimiento de la Universidad

El 1 de octubre de 1930 a los 163 años de haber sido clausurada la Universidad se firmó el Acta de Fundación de la Universidad Javeriana restaurada. Una comunicación de la Sagrada Congregación de Seminarios y Universidades, felicitaba a los Padres de la Compañía de Jesús por la iniciativa, y hacía hincapié en la misión de su Universidad de formar científica y cristianamente a la juventud colombiana. El 16 de febrero de 1931 se inauguró el primer año académico con la Misa del Espíritu Santo celebrada en la Iglesia de San Ignacio. Fue el primer Rector de la restaurada Universidad el padre José Salvador Restrepo, S.J.

El 31 de julio de 1937, fiesta de San Ignacio de Loyola, la Santa Sede erigió canónicamente la Universidad Javeriana y el 24 de agosto del mismo año aprobó sus Estatutos. A comienzos del año siguiente la honró con el título de Pontificia.

Facultad de Ciencias Económicas y Jurídicas

La unidad docente con la cual inició labores la Universidad en su segunda etapa fue la Facultad de Ciencias Económicas y Jurídicas. Primer Decano fue el P. Jesús María Fernández, S.J., a quien sucedió el P. Félix Restrepo, S.J., cuyo nombre se vinculó definitivamente desde entonces a la Universidad Javeriana.

En 1933 el señor Rector de la Facultad Nacional de Derecho y Ciencias Políticas dio al pensum de la Universidad el visto bueno que por entonces exigían las leyes colombianas.

Sedes físicas en que ha funcionado la Facultad

La Facultad funcionó en el claustro del Colegio de San Bartolomé hasta mayo de 1.953, cuando se trasladó a su actual sede de la Universidad, ubicada en la carrera 7ª con calle 40. Durante muchos años la Facultad funcionó en el Edificio Emilio Arango S.J., al que mejor se conoce como edificio "central". En 1991 la Facultad se instaló en el Edificio Gabriel Giraldo S.J., en donde se encuentra en la actualidad.

Facultad de Ciencias Jurídicas y Socioeconómicas

En 1964, luego de la creación de la Facultad de Economía y las separación de los estudios de esta disciplina de los estudios en Derecho, la Facultad cambió su nombre por el de Facultad de Ciencias Jurídicas y Socioeconómicas.

Facultad de Ciencias Jurídicas

En 1992, reorganizadas las unidades académicas de la Universidad, la Facultad cambió su nombre por el de Facultad de Ciencias Jurídicas, con el que actualmente se distingue.

Carrera de Derecho en Cali

Desde el Congreso de Abogados Javerianos celebrado en Pereira en 1968, se planteó la conveniencia de extender la Pontificia Universidad Javeriana a Cali, con la creación, entre otros, del programa de Derecho, a manera de contribución de la Compañía de Jesús al progreso y liderazgo de una región en crecimiento.

Posteriormente, y desde los comienzos de la Pontificia Universidad Javeriana Cali, estuvo en la intencionalidad de sus fundadores la creación del programa de Derecho, iniciativa que contó con el apoyo irrestricto y decidido de la Asociación de Antiguos Alumnos de la Compañía de Jesús (ASIA); lo mismo que del Conciliario, padre Tomás Galvis, S.J., y del Dr. Donal Rodrigo Tafur, presidente de ASIA. Este proyecto se vino a concretar años después, como consecuencia de un largo proceso de análisis sobre su conveniencia y viabilidad, atendiendo no sólo las necesidades formativas del Departamento del Valle del Cauca, sino su pertinencia, oportunidad y congruencia.

El 1 de marzo de 2000, el Consejo Directivo de la Pontificia Universidad Javeriana, mediante Acuerdo N.244, en su artículo primero ¿Autoriza el funcionamiento del programa de pregrado en Derecho en la Seccional Cali, adscrito a la Facultad de Humanidades y Ciencias Sociales¿.

La necesidad de dar a Cali un programa de derecho de calidad, acorde con los retos del nuevo orden mundial, la recuperación del liderazgo regional y los preceptos éticos del nuevo abogado, inspiraron todo su proceso de creación. Finalmente, la carrera de Derecho, inició con la primera cohorte en el segundo semestre del año 2000.