La Pontificia Universidad Javeriana en Cali es parte integral de la estructura orgánica de esta Universidad en Colombia, se encuentra liderada por la oficina de rectoría, área que trabaja en conjunto con el comité de la seccional en la ejecución de los proyectos académicos y administrativos que han llevado a la consolidación de la Javeriana Cali en el ámbito educativo de la región. Es responsabilidad de la Rectoría preservar los lineamientos de educación de la Compañía de Jesús y dar cumplimiento a las normas vigentes por parte del estado para este tipo de entidad educativa