El grupo de investigación en Ecología de Arrecifes Coralinos está reconocido por COLCIENCIAS en la categoría A1, de acuerdo con la última medición del año 2017. Fue fundado por el profesor Fernando A. Zapata de la Universidad del Valle hace 20 años, y en la actualidad es un grupo interinstitucional, que cuenta con el aval adicional de la Pontificia Universidad Javeriana Cali, a través del profesor Mateo López-Victoria y sus estudiantes. El grupo tiene líneas de investigación enfocadas en la ecología de comunidades coralinas, bioerosión de arrecifes coralinos, reproducción y reclutamiento coralino, historia de vida temprana y biogeografía de peces, restauración ecológica, ecología molecular y efectos climáticos y antropogénicos en corales.