El segundo periodo abarca de 1989 al 2005,   se desarrolló durante las vicerrectorías de los padres Raúl Posada Vélez S.J., Javier González Rodríguez S.J. y Joaquín Sánchez García S.J. En el año de 1991 la Universidad adopta formalmente la Planeación Estratégica, como modelo para planear sistemática y científicamente su desarrollo integral, para proyectarse en su identidad y su quehacer a corto, mediano y largo plazo, como entidad educativa con vocación de liderazgo, moderna, siendo consecuente  con sus metas intrínsecas de excelencia humana y científica a la vez acorde a las demandas educativas al sector suroccidental del País.

Se reestructuró el trabajo a partir de tres ejercicios:

El primer ejercicio se realiza  durante la vicerrectoría del P. Raúl Posada Vélez S.J. entre 1989 y 1996, se produce el documento "Diseñando el Futuro" publicado en 1993, el cual comprende Misión de la Seccional y las formulaciones institucionales sobre: La formación javeriana, La Universidad Javeriana Cali y su entorno, criterios para la proyección del desarrollo de la Universidad Javeriana en Cali y los núcleos estratégicos para desarrollar Currículo, Docentes y Medio Universitario. Igualmente se incluyen la Misión y el proyecto educativo de la Pontificia Universidad Javeriana y la caracterización de las unidades académicas.

El segundo ejercicio se desarrollo durante la vicerrectoría del P. Javier González Rodríguez S.J. entre 1997 y 2000, al documento "Diseñando el Futuro"  se le incluyen dos nuevos núcleos estratégicos denominados Sociedad y Universidad e Investigación.

El tercer ejercicio se desarrolla durante la vicerrectoría del P. Joaquín Sánchez García S.J. entre el año 2000 y 2005. Consistió en la ejecución de los programas y proyectos  planteados. El esfuerzo  se concentró en coordinar y dar unidad a la ejecución y seguimiento, lo cual exigió la creación de una plataforma de gestión que soportara el proceso de monitoreo y control.