La Pontificia Universidad Javeriana de Cali definió en su Planeación Institucional 2006-2011, a partir de su Misión y su Visión, el Compromiso con el Entorno como una de sus Áreas de Desarrollo. En dicha área, se planteó el fortalecimiento de la responsabilidad social universitaria como un objetivo estratégico del quehacer de la universidad  y como elemento esencial de su propuesta de formación hacia una búsqueda de soluciones a los problemas que padece nuestra sociedad, en la perspectiva del desarrollo regional sostenible. En ese contexto se creó, en 2008, la Oficina de Proyectos Especiales de Desarrollo Social que dos años después se transformó en el Centro de Estudios Interculturales (CEI). La creación del CEI se produjo en el marco del Programa de Cooperación Interuniversitaria entre la Pontificia Universidad Javeriana de Cali, la Universidad de Barcelona y la Fundació Solidaritat UB, y gracias al apoyo de la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo.

En 2012, la Universidad Javeriana de Cali resaltó nuevamente en su Planeación Insitucional 2012-2021, la importancia de la Responsabilidad social Universitaria. Teniendo en cuenta los resultados del Centro de Estudios Interculturales en la investigación aplicada y el reconocimiento por el compromiso social universitario y su capacidad de incidencia, se inició el proceso de construir el primer Instituto de la Seccional, creando el Instituto de Estudios Interculturales el 16 de diciembre de 2014, por decisión del Consejo Directivo.