El programa de biodiversidad busca garantizar la adecuada gestión de la flora y fauna que se encuentra en el campus buscando tener actualizado los recursos biológicos que están presentes para así proponer un plan de manejo y contar conestrategias de reforestación y protocolos de manejo de la fauna que habita el espacio.

Este programa se divide en los subprogramas de flora y fauna. El subprograma de flora se encarga del adecuado manejo de los individuos arbóreos que se tienen en el campus a través de uso de prácticas agroecológicas; mientras que el subprograma de fauna busca generar estrategias de conservación de la fauna que habita el campus una vez se tengan identificadas.